الهيكل التنظيمي لمشروع سمك اوميجا يتكون من الأنشطة والمهام التي يتم توزيعها بين العاملين والقيام بعمليات التنسيق والإشراف وهو بالضرورة مُوجه نحو تحقيق أهداف المؤسسة والتنظيم كما يُمكن اعتبارها أيضاً بكونها منظار للأفراد اتجاه مؤسستهم والبيئة المحيطة.
المدير العام الذي من مهامه متابعه التصريحات والعقود والإجراءات المتعلقة بالمشروع ،و يدير كل من :
وبدورهم الاشراف على باقي الموظفين.